Kisah Maleficent: Mistress of Evil berjalan lima tahun setelah event di film pertamanya berakhir. Maleficent (Angelina Jolie) sang Fay, mengangkat Aurora (Elle Fanning) sebagai penguasa Moors. Selama berkuasa, Aurora memerintah Moors dengan adil dan bijaksana. Dia juga menguasai berbagai bahasa sekaligus yang menyebabkan dia bisa berkomunikasi dengan para makhluk ajaib yang tinggal di Moors.
Sayang kondisi ini sedikit berubah ketika Pangeran Phillip (Harris Dickinson) datang melamar Aurora. Tanpa basa-basi, Aurora yang memang mencintai Phillip langsung mengatakan iya, tanpa menanyakan terlebih dahulu pada Maleficent. Melihat anak kesayangannya hendak dibawa pergi orang, Maleficent langsung datang dan melarang pertunangan tersebut.
Tapi Aurora berkeras untuk menerima pertunangan tersebut, bahkan dia menjanjikan makan malam bersama Raja John (Robert Lindsay) dan Ratu Ingrith (Michelle Pfeiffer). Hati Maleficent melunak setelah melihat kegigihan anak angkatnya untuk menikahi Phillip.
Dalam acara makan malam yang direncanakan, Maleficent datang bersama Aurora dan Diaval (Sam Riley). Dalam makan malam tersebut, Ratu Ingrith malah memprovokasi Maleficent melalui cerita masa lalu Aurora yang dikutuk oleh Maleficent. Mendengar hal tersebut, Maleficent mengamuk dan mengajak Aurora pulang. Sayang di saat yang bersamaan sang Raja John jatuh tersungkur, seperti terkena kutukan tidur milik Maleficent.
Melihat kenyataan tersebut, Aurora berkeras untuk tinggal bersama keluarga raja. Maleficent yang merasa dikhianati memutuskan untuk pulang dengan mendobrak kaca jendela. Dalam perjalanan pulang ke Moors, Maleficent ditembak oleh Gerda (Jenn Murray).
Karena luka yang dialaminya, Maleficent tenggelam di laut. Di dalam laut tersebut, Maleficent ternyata diselamatkan oleh sosok lain yang menyerupai dirinya. Sosok tersebut membawa Maleficent terbang menjauh dari jangkauan Gerda.