Sepertinya Square Enix sedang mengalami hari-hari buruk karena mengalami kerugian besar. Diperkirakan mereka mendapatkan kerugian sebesar 13 milyar yen, atau setara dengan 1,56 trilyun rupiah untuk tahun fiskal yang berakhir 30 Maret 2013 ini. Sebelumnya mereka menargetkan untuk mendapatkan keuntungan 3 hingga 5 milyar yen, namun ternyata malah merugi karena buruknya penjualan game di Barat.Diperkirakan hal tersebut terjadi karena penjualan yang kurang untuk game-game konsol mereka, seperti Tomb Raider, Hitman, Deus Ex, dan Thief, serta tidak lupa seri-seri baru Final Fantasy. Bahkan Final Fantasy All the Bravest tidak bisa menyelamatkan kerugian tersebut. Bisnis mesin arcade mereka sepertinya juga tidak seperti yang mereka harapkan. Karena kerugian yang ternyata tidak sesuai rencana awal ini, Yoichi Wada sebagai presiden utama memutuskan mengundurkan diri karena kegagalannya.Sebagian hal juga mempengaruhi besarnya kerugian tersebut, seperti adanya reformasi besar dalam tubuh Square Enix, adanya pengaturan ulang mengenai development policy, struktur organisasi, beberapa model bisnis, dan beberapa lainnya. Efek domino dari hal-hal ini bisa jadi pembatalan proyek-proyek yang sedang mereka jalankan.Yoichi Wada mengumumkan pengunduran dirinya setelah mendengar catatan pendapatan dari publisher. Para petinggi Square Enix sendiri akan melakukan pemilihan di bulan Juni 2013 depan untuk memutuskan penggantinya, dan sepertinya Yosuke Matsuda yang diperkirakan akan menggantikan jabatan Wada. Sebelum mengumumkan pengunduran dirinya, Wada juga mendapatkan pemotongan gaji hingga 60 persen menyusul buruknya kinerja Square Enix.Penjualan game konsol mereka di barat, terutama Tomb Raider, Hitman Absolution, dan Deus EX yang tidak sesuai dengan harapan, bahkan jauh dari rencana awal ditengarai menjadi salah satu penyebab besar kerugian Square-Enix. Tomb Raider yang sempat menduduki peringkat satu penjualan di chart UK pun ternyata hanya bertahan dua minggu di puncak.
