Sementara J.J. Abrams telah berkomitmen untuk mengerjakan Star Wars: Episode VII yang akan dirilis tahun 2015. Spekulasi pun muncul seputar siapa yang akan menggantikannya untuk menangani Star Trek 3 yang kabarnya akan dirilis oleh Paramount pada tahun 2016.Setelah muncul nama Joe Cornish (Attack the Block), Justin Lin (Fast Five) dan Brad Bird (Mission: Impossible - Ghost Protocol), kini muncul nama sutradara G.I. Joe Retaliation, Jon M. Chu, yang kabarnya menjadi kandidat kuat menggantikan J.J. Abrams. Jon M. Chu sendiri saat ini telah terikat dengan proyek film Paramount  yang lain yaitu G.I. Joe 3, dan jika ia benar-benar menyutradarai Star Trek 3, kemungkinan ia harus melepas G.I. Joe 3 atau mungkin mengerjakan dua film tersebut secara bersamaan. Namun sampai saat ini masih belum ada konfirmasi resmi dari pihak studio mengenai kebenaran berita ini.Lebih lanjut, penulis naskah The Amazing Spider-Man 2, serta produser Untitled Mummy Reboot dan remake Van Helsing, Roberto Orci dan Alex Kurtzman, kini tengah dalam tahap negosiasi dengan J.J. Abrams selaku produser untuk mengerjakan naskah dari Star Trek 3.Meski belum ada detail cerita yang terungkap, namun rumor yang beredar mengatakan kalau Star Trek 3 akan mengangkat cerita seputar Klingons.
